잘 상하는 음식은 일단 냉동실에 보관하게 된다. 그런데 고춧가루는 예외다. 고춧가루를 냉동실에 보관하면 오히려 곰팡이 생길 위험이 커진다. 

고춧가루에는 아스퍼질러스(Aspergillus sp.)와 페니실리움(Penicilliuim sp.) 곰팡이가 주로 발생한다. 일부 아스퍼질러스종은 아플라톡신과 오크라톡신 같은 곰팡이 독소를 생성한다. 아플라톡신은 강독성 발암물질로, 270 ~ 280도 이상으로 가열해야 분해돼 일반적 조리과정에선 완전히 제거되지 않는다. 오크라톡신은 콩팥에 영향을 미쳐 콩팥염을 일으킬 수 있다고 알려졌다.

농촌진흥청이 고춧가루를 보관하는 환경의 온·습도를 달리해 곰팡이 발생을 관찰했다. 그 결과, 고춧가루는 ▲-20°C ▲0°C ▲4°C 에 보관할 때보다 ▲​10°C에 보관할 때 곰팡이 발생이 가장 적었다. 냉동실은 보통 -20°C에서 -18°C를, 냉장실은 3~4°C를 유지한다. 실험은 1kg의 포장백에 들어있는 고춧가루를 ▲-20°C ▲0°C ▲4°C ▲10°C의 환경에서 각각 10개월 이상 보관하며, 10일마다 시료를 채취해 곰팡이 발생 여부를 조사하는 방식으로 이뤄졌다. ▲-20°C ▲0°C ▲4°C에 보관할 땐 시간이 지남에 따라 곰팡이 발생량이 치솟는 시점이 있었지만, 10°C에 보관할 경우 전기간에 걸쳐 곰팡이 발생량이 비교적 미미했으며 검출량도 일정 수준을 유지했다. 따라서 고춧가루를 가장 신선하게 보관하려면 10°C​를 맞추는 게 좋지만, 냉동실은 보통 -20°C에서 -18°C, 냉장실은 3~4°C라 정확히 10°C에 보관하기는 어렵다.​ 굳이 고르자면 냉동보관보다는 냉장보관이 낫다. 습기에 취약하기 때문에 밀폐용기에 담아두는 것도 중요하다. 농촌진흥청 실험에 따르면 고춧가루를 보관하는 장소의 습도가 93%일 때보다 51%와 69%일 때 곰팡이 발생량이 적었다. 51%와 69%에선 발생량의 차이가 거의 나타나지 않았다.